Der Rekurs an das Verwaltungsgericht
Beim Verwaltungsgericht anfechtbar sind grundsätzlich die Verfügungen des Regierungsrates und der vom Grossen Rat oder vom Regierungsrat gewählten Kommissionen, wie z.B. der Baurekurskommission oder der Steuerrekurskommission. Massgeblich ist jeweils die von diesen Instanzen erteilte Rechtsmittelbelehrung. Verfügungen sind Entscheidungen im Bereich des Verwaltungsrechts, in denen im Einzelfall eine konkrete rechtliche Angelegenheit verbindlich geregelt wird. Die Anfechtung von Zwischenentscheiden ist nur möglich, wenn der oder dem Rekurrierenden dadurch ein nicht wieder gut zu machender Nachteil entsteht.
Der Regierungsrat kann, wenn bei ihm eine Verfügung einer unteren Verwaltungsinstanz angefochten wird, davon absehen, selbst einen Rekursentscheid zu treffen, sondern die Sache gleich an das Verwaltungsgericht überweisen. In solchen Fällen überprüft das Verwaltungsgericht z.B. auch Departementsentscheide. In gewissen Rechtsbereichen ist nicht an das kantonale Verwaltungsgericht, sondern direkt an eine Bundesbehörde zu rekurrieren, u.a. bei Streitigkeiten über Bundessteuern. Auch hier gilt jeweils die im konkreten Fall erteilte Rechtsmittelbelehrung.
Der Rekurs an das Verwaltungsgericht ist innert 10 Tagen seit Eröffnung des beanstandeten Entscheids schriftlich anzumelden und innert 30 Tagen, vom gleichen Zeitpunkt an gerechnet, zu begründen. Die Frist von 10 Tagen zur Rekurserhebung ist nicht erstreckbar, jedoch kann mit einem entsprechenden Begehren beim Verwaltungsgericht eine Verlängerung der Begründungsfrist beantragt werden.
In der Begründung des Rekurses ist darzulegen, in welchen Punkten und aus welchen Gründen die beanstandete Verfügung unrichtig sein soll. Fehlt die Rekursbegründung, so kann der Rekurs nicht behandelt werden und wird die betreffende Verfügung rechtskräftig. Das Verwaltungsgericht beurteilt im Rekursverfahren, ob die Vorinstanz den massgeblichen Sachverhalt richtig festgestellt und das öffentliche Recht des Kantons und des Bundes, einschliesslich des Verfassungsrechts, korrekt angewendet hat. Hingegen darf das Verwaltungsgericht (mit wenigen Ausnahmefällen in bestimmten Rechtsgebieten) nicht ins Ermessen der Verwaltungsbehörde eingreifen. D.h. unter diesem Aspekt kann ein Rekurs nur dann gutgeheissen werden, wenn die Verwaltung ihr Ermessen eindeutig überschritten oder davon einen willkürlichen Gebrauch gemacht hat.
Für das Rekursverfahren vor dem Verwaltungsgericht hat der Rekurrent, vorbehältlich der Bewilligung des Kostenerlasses, einen Kostenvorschuss zu leisten. Im Falle der Abweisung seines Rekurses hat er die Kosten des Verfahrens zu tragen und allenfalls weiteren Beteiligten, wie z.B. den beigeladenen Nachbarn im Baubewilligungsverfahren, eine Parteientschädigung für deren Anwaltskosten zu bezahlen. Der obsiegenden Verwaltung steht hingegen keine Entschädigung für ihren Aufwand zu.
Im Verfahren vor dem Verwaltungsgericht findet je nach den Umständen eine mündliche Verhandlung statt, worüber der Präsident oder die Präsidentin entscheidet. Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn ein Augenschein durch das Gericht erforderlich scheint. In gewissen Rechtsbereichen besteht ein Anspruch der Prozessparteien auf Durchführung einer Verhandlung, worauf sie allerdings auch verzichten können.   

Die Beschwerde an das Verfassungsgericht
Gegen kantonale Verordnungen, insbesondere des Regierungsrates, und andere Erlasse, z.B. der Gemeinden oder anderer Träger öffentlicher Aufgaben, kann Beschwerde an das Appellationsgericht als Verfassungsgericht erhoben werden. Ferner gibt es die Beschwerde wegen Verletzung der Volksrechte im Zusammenhang mit Wahlen und Abstimmungen sowie der Behandlung von Initiativen durch den Grossen Rat. Die Beschlüsse des Grossen Rates sind ausserdem, soweit nicht eine gesetzliche Ausnahme besteht, mit Beschwerde wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte beim Gericht anfechtbar. Dies ist allerdings nur dann möglich, wenn kein anderes Rechtsmittel erhoben werden kann. Die Beschwerde wegen Verletzung der Gemeindeautonomie steht nur den Einwohner- und Bürgergemeinden zu. Für die Einzelheiten all dieser Rechtsmittel wird auf das Gesetz über die Verfassungs- und Verwaltungsrechtpflege (SG 270.100) verwiesen.